WikiSort.ru - Компьютерные программы

ПОИСК ПО САЙТУ | о проекте
PHYLIP
Тип Биоинформатика
Автор Фельзенштейн, Джозеф
Разработчик Дж.Фельзенштейн
Написана на HTML[1]
Операционная система Apple Macintosh, Microsoft Windows
Первый выпуск 1980[2]
Последняя версия 3.695 (08.09.2009)
Лицензия Public Domain
Сайт evolution.genetics.washington.edu/…

PHYLIP (PHYLogeny Inference Package) — программное обеспечение для построения филогенетических деревьев. Пакет состоит из 35 программ, которые не имеют графического интерфейса. Входящие данные представлены в собственном формате PHYLIP. Файл outtree, содержащий дерево, представлен в универсальном Ньюик-формате.

С сентября 1980 года, момента первого выхода программы, имеет более 28000 официально зарегистрированных пользователей.

Существует ряд программных продуктов, предоставляющих графический интерфейс к функционалу PHYLIP. На русском языке бесплатно распространяется система UGENE, позволяющая строить деревья по алгоритмам PHYLIP, визуализировать их, а также сохранять в формате Newick.

Программы PHYLIP

Названия программыОписание программы
protparsОценивает филогению белковых последовательностей при помощи метода максимальной бережливости.
dnaparsОценивает филогению ДНК последовательностей при помощи метода максимальной бережливости.
dnapennyДНК метод ветвей и границ. Ищет все наиболее экономные филогении для аминокислотных последовательностей.
dnamoveИнтерактивное построение филогении из аминокислотных последовательностей, оценка при помощи метода максимальной экономии для ДНК.
dnacompОценка филогении по данным аминокислотных последовательностей при помощи критерия совместимости.
dnamlОценивает филогению по нуклеотидным последовательностям используя метод максимального правдоподобия.
dnamlkДНК метод максимального правдоподобия с молекулярными часами.
promlОценивает филогению по последовательностям аминокислот при помощи метода максимального правдоподобия.
promlkМетод максимального правдоподобия с молекулярными часами для белковых последовательностей.
restmlОценка филогении методом максимального правдоподобия с использованием информации о сайтах рестрикции (присутствие или отсутствие индивидуальных сайтов).
dnainvarДля данных о последовательности нуклеиновой кислоты по четырем видам, вычисляет филогенетические инварианты Lake's и Cavender's, которые проверяют альтернативную топологию дерева.
dnadistМетод расстояний для ДНК, который считает по аминокислотным последовательностям 4 разные дистанции между особями. Расстояние затем может быть использовано в программах с матрицами расстояний.
protdistОценка расстояния по методу наибольшего правдоподобия.
restdistРасстояния, рассчитанные по данным о сайтах рестрикции или данных о фрагментах рестрикции.
seqbootЧитает данные и выдает набор данных при помощи статистического бутстрэпа.
fitchМетод матрицы расстояния Fitch-Margoliash. Оценка филогении по данным о матрице расстояния при помощи "модели совокупного дерева", согласно которой расстояния, как ожидается, будут равняться суммам длин ветвей между видами.
kitschМетод матрицы расстояния Fitch-Margoliash с молекулярными часами. Оценка филогении по данным о матрице расстояния при помощи "ультраметрической" модели, которая совпадает с моделью совокупного дерева, за исключением того, что во внимание приняты эволюционные часы.
neighborРеализация метода Neighbor-Joining (метода присоединения соседей) и метода UPGMA (метод невзвешенной попарной группировки с усреднением).
contmlОценивает филогению по данным частоты генов методом максимального правдоподобия (все различия из-за дрейфа генов в отсутствие новых мутаций). Эта программа также может проводить анализ методом максимального правдоподобия признаки, которые эволюционируют как модель броуновского движения, предполагая, что признаки эволюционируют с равной скоростью.
contrastЧитает дерево из файла и выдает независимый различия для признаков, чтобы затем использовать их в многопеременной статистикой.
gendistПрограмма генетических расстояний, которая считает т по одной из трех формул генетических расстояний используя данный о частоте генов.
parsНеупорядоченный метод бережливости со многими состояниями, рассматривающий отдельные признаки.
mixОценка филогении некоторыми методами бережливости для дискретных признаков с двумя состояниями (0 и 1). Позволяет использовать метод бережливости Вагнера, метод бережливости Camin-Sokal или их произвольную комбинацию.
pennyРазделение или связывание смешанных методов, которые находят все большую бережливость филогении для данных по отдельным признакам с двумя состояниями, для метода Вагнера, Camin-Sokal, и смешанных критериев бережливости используется метод ветвей-и-границ точного поиска.
moveИнтерактивное конструирование филогении от данных по отдельным признакам с двумя состояниями (0 и 1). Оценивает бережливость и критерии совместимости той филогении и показывает восстановленные состояния по всему дереву.
dollopОценка филогении при помощи Dollo или критериями бережливости полиморфизма данных об отдельных признаках с двумя состояниями (0 и 1).
dolpennyНаходит все большинство бережливой филогении для данных отдельных признаков с двумя состояниями, для Dollo или критериев бережливости полиморфизма, используется метод ветвей-и-границ точного поиска.
dolmoveИнтерактивное конструирование филогении от данных об отдельном признаке с двумя состояниями (0 и 1) используя Dollo или критерии бережливости полиморфизма. Оценивает бережливость и критерии совместимости филогении и показывает восстановленные состояния по всему дереву.
cliqueНаходит самую многочисленную клику взаимно совместимых знаков и филогению, которую они рекомендуют для данных об отдельном признаке с двумя состояниями (0 и 1). Самая многочисленная клика (или все клики в пределах данного диапазона самого большого размера) находятся очень быстрым методом поиска ветвей и связей.
factorПерекодирующая программа признака, которая берет дискретные данные со многими состояниями с признаком состояния деревьев и производит соответствующий набор данных с двумя состояниями (0 и 1).
drawtreeПрограмма рисует не укорененное дерево подобно drawgram.
consenseКонсенсусная программа дерева, которая вычисляет консенсус дерева при помощи метода majority-rule consensus tree, который также позволяет легко находить строгий консенсус дерева.
treedistВычисляет Robinson-Foulds симметричные различия расстояний между деревьями , которые допускают различия в топологии дерева.
retreeИнтерактивная программа перестройки дерева, которая читает в дереве (с длинами ветвей, если необходимо) и позволяет вам переукоренять дерево, щелкать ветвями, менять имена видов и длины ветвей, и затем выписывать результат. Может использоваться, чтобы конвертировать укорененные и не укорененные деревья между собой.

Примечания

  1. The phylip Open Source Project on Open Hub: Languages Page — 2006.
  2. http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/credits.html

Литература

Ссылки

Данная страница на сайте WikiSort.ru содержит текст со страницы сайта "Википедия".

Если Вы хотите её отредактировать, то можете сделать это на странице редактирования в Википедии.

Если сделанные Вами правки не будут кем-нибудь удалены, то через несколько дней они появятся на сайте WikiSort.ru .




Текст в блоке "Читать" взят с сайта "Википедия" и доступен по лицензии Creative Commons Attribution-ShareAlike; в отдельных случаях могут действовать дополнительные условия.

Другой контент может иметь иную лицензию. Перед использованием материалов сайта WikiSort.ru внимательно изучите правила лицензирования конкретных элементов наполнения сайта.

2019-2020
WikiSort.ru - проект по пересортировке и дополнению контента Википедии